有機(jī)肥設(shè)備加工的各種有機(jī)肥料都含有豐富的有機(jī)物質(zhì)，如人畜糞含粗有機(jī)物58%，廄肥含39%，秸稈含85%，綠肥含83%，為土壤微生物和酶提供了充足的養(yǎng)分和能源，加速了微生物的生長(zhǎng)和繁殖，使之不僅數(shù)量增加，而且活性提高，在有機(jī)質(zhì)的礦化、營(yíng)養(yǎng)元素的累積、腐殖質(zhì)的合成等方面起著重要作用。在微生物的作用下，有機(jī)養(yǎng)分不斷分解轉(zhuǎn)化為植物能吸收利用的有效養(yǎng)分，同時(shí)也能將被土壤固定的一些養(yǎng)分釋放出來(lái)。例如，微生物能分解含磷化合物，使被土壤固定的磷釋放出來(lái)，鉀細(xì)菌可以提高土壤鉀的活性。微生物還能固定土壤中的易流失養(yǎng)分（如對(duì)土壤游離氮的微生物固定）。在綠色食品（蔬菜）基地北京巨山農(nóng)場(chǎng)保護(hù)地黃瓜以及番茄茬口取土測(cè)定土壤微生物數(shù)量結(jié)果表明，化肥區(qū)土壤微生物數(shù)量*低，隨著培肥時(shí)間的延長(zhǎng)，其微生物活性（即數(shù)量）并不增加，堆肥處理的生物總數(shù)較高，而漚肥處理的土壤微生物數(shù)量略高于化肥區(qū)。由此可見，堆肥處理確有利于改善土壤微生物學(xué)性狀。漚肥由于其腐熟程度不高，有效養(yǎng)分較低，培肥效益較差。
此外，由于長(zhǎng)期施用堆肥的土壤，土壤自生固氮菌數(shù)量和生物活性都有大幅度增加，因此就增加了對(duì)大氣氮的固定數(shù)量，對(duì)提高土壤氮素供應(yīng)能力有顯著的作用。有機(jī)肥是酶促作用的基質(zhì)，土壤有機(jī)質(zhì)含量的增加，酶的活性增強(qiáng)，加速了土壤養(yǎng)分的分解、轉(zhuǎn)化、合成。土壤中動(dòng)物數(shù)量極多，有機(jī)肥給它們的生存和繁殖提供了豐富的養(yǎng)分，土壤動(dòng)物的旺盛生命活動(dòng)對(duì)有機(jī)物的分解及各種化合物的合成也起著極為重要的作用。這些小動(dòng)物排出的糞便增加了土壤養(yǎng)分，對(duì)改善土壤理化性狀、提高土壤肥力方面也有重要作用。
